Wenn du nicht alles synchronisieren willst, solltest du die Ignoriermuster verwenden (Ordnereinstellungen, bzw. .stignore (ggf. neu erstellen) Datei direkt im geteilten Ordner).
Wenn du eine Unterordner eines Syncthingordners nochmal als eigenen Syncthingordner teilst, kann das problematisch werden, allerdings fällt mir gerade keines der Szenarien ein.